第5回ジンベエザメ国際会議

5月下旬に世界遺産であるオーストラリア・ニンガルーコーストにあるエクスマスという街でジンベエザメ国際会議に参加してきました。

香港経由でパース空港に深夜に到着

そのまま空港のSleeping podで快適に就寝

行きのパース～エクスマスの機内、右手にずっと見えていたのは赤茶けた台地

エクスマス Exmouthという街では、ジンベエザメは非常に身近な存在

 

学会参加者全員に配られるグッズ　

ペットボトルが要らないようにマイボトル（会議ロゴ付き）、

そして、写っていないけど、金属製のストローも

自然保護に関係する地元企業や政府機関、そして関係ない企業も分厚く協賛　

おかげで整った清潔感のある会場

なんだか頭が「エラスモ」だから道に落ちてるこんなものも、

アレに見えてくる！でも実は植物

 

会議中の半日は地元のエコツーリズム体験

  

船上からザトウクジラ、そしてハンドウイルカが3つ巴で見えたり

海水面にだらんとしたウミヘビ

シュノーケリングでスティングレイも見ることができたけど、

やはり主役は

ジンベエザメ！

我々のボートの近くに計5匹が来ていたらしい

 

けど、慣れないシュノーケリング、ついていくのがやっとで

雌雄の違いや模様による個体の識別なんてしている余裕はないけど

なんとかムービーで撮影

接近は3メートルまでと決められている

 日本からの他の参加者はみな知り合いで、海外からも一緒に仕事したことのある仲間が
初めて参加したこの会で、昨年秋に発表したゲノム解析について紹介　
ある意味、馴染みのないコミュニティを相手にするのは慣れています

 会議後はメルボルンへ移動し、共同研究者とのタイトなミーティング x2

その前に地元の水族館へ　ドイツ時代で世話になったSea Life系列

 

おきまりのサメ卵付きのタッチプール

これはポートジャクソンネコザメ

これはゲノム研究者にはおなじみ、ゾウギンザメ

これは実物を始めて目にしました

draughtboard shark (Cephaloscyllium laticeps)のもの

最も大きな水槽の目玉は、やはり板鰓類

 シロワニ、トラフ、ツマグロ、ヤジ、コモリ、オオテンジクなど定番に加え、

ガンジスメジロザメ Glyphis glyphis

 そして、さっきの植物じゃなくて、ほんもの

Largetooth sawfish ノコギリエイの一種

オスメス両方いたが、メスのほうが全長もノコギリ長も大きいとか

その場にいた従業員が快く教えてくれた

メルボルンからの用務を無事終えて、最後大雨の中なんとか空港に到着

ロングフライトを控えてずぶぬれで空港へ、ってのは初めての経験でした

日本に戻り、学会参加グッズのメタルストローを試用。そういえば学会中立ち寄ったB級イタリアンレストランも紙ストローでした。もうプラ廃止の流れは当然で、日本が遅いだけと改めて痛感。今回の会議にて、美ら海チーム（私の共同研究者でもあります）は、水族館での診断に基づく知見と、そのスキルを活用したガラパゴスでの野外調査（プレスリリース、水族館ブログ記事）について発表。私見では、これらの発表に刺激を受けて、これまで水族館でのジンベエ飼育に肯定的でなかった海外の関係者が、水族館での飼育を通した研究の重要性を認識する機会となったようである。あと、私自身はとくに世界の野外ジンベエ集団の現時点での知識を始めて整理することができ、同時にDNA解析全般の現状も確認できました。今後の関わり方を検討していきます。

さいごに、系統樹マンダラ【サメ編】の制作に取り組んでいます。実現のためのクラウドファンディングにご支援いただけると非常に有難いです。 50種ほどのイラストがポスターに入るのですが、ジンベエザメが入るか、というと・・・。そこのところはぜひお楽しみに！

ヤツメウナギのゲノム論文

このブログで触れたことのあるヤツメウナギ、そのとりあえずのゲノム解析の結果が Nature Genetics誌に掲載されました。このプロジェクトに関わりはじめた経緯などを思い返すと、いろいろ思い入れのあるプロジェクトではありましたが、結果としてはすっきりしない部分もあり、まだまだスタート地点にたっただけ、と強く思います。

論文に含めたマジメな結果以外にも、いろいろ書き残しておきたいエピソードがありますので、後日ここに綴ってみたいと思います。

ヤツメウナギゲノム

研究の話です。各所で見れるようになっているヤツメウナギ（正確には「ウミヤツメ」）のゲノム配列や遺伝子アノテーションのリソースについての情報が統合されていなくて、混乱を生みがちなようです。

整理するために、英語のブログポストに含めたリンク先のページに概要をまとめましたので、お困りの方はご覧ください。今後も新しい情報が出たときに、そのページに付け加えていくつもりですので、参考にしてください。

Workshop on Genomics

以前の記事で紹介したGeomicsのワークショップが例年通りチェコで行われました。

コースで使われた教材一式をHPで見ることができます。

ソフトウェアのリストはもうおなじみのものが並んでいます。どうでしょうか、扱うデータ量が増え、どのソフトがよいのかという評価をつぶさに行うことが難しくなってきています。うわさや論文におけるベンチマークの結果、そして名前をよく目にするソフトを与えられるがままに使わざるを得ない、という状況になってきてしまっているのではないでしょうか。


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国際生物学賞

 月曜まで一週間日本に行っておりました。国際生物学賞という特別な賞にともなうシンポジウムでの講演の機会をいただいたためです。今回の受賞者であるEric Davidson博士については、いろいろなサイトで紹介されているとおりです。

Eric Davidson博士の研究内容、そして今回のシンポジウムの内容を踏まえ、私の研究、というか私が今回発表した内容がどういう位置づけになるのか。

遺伝子セット自体は変わらないけど遺伝子の制御が変わることで発生プログラムが変化し、おもに動物のボディプランの多様性につながった、とする考えが主流で、Davidson博士の研究もそこから展開したわけです。

全ゲノムシーケンスが行われる以前は遺伝子セットの変化を正確に記述するという、実は基本的な部分については目をつぶって話を進めるしかなかった、したがって、制御が注目されたのはある意味、当然。

全ゲノム（実際には「完全」なものが得られるわけではないが）の情報が得られるようになった現在、これまでの考えではカバーできなかった遺伝子セットの変化をまず正確に記述することが重要です。そして、情報学によるリストづくりに固執することなく、表現型のちがいと結びつけることのできる生物学者の目に触れるところで成果を発表していくことを心がけています。

自分のルーツや今の立場を思い出させてくれる、そしてこれからを照らしてくれる予感のするいくつもの出会いがありました。この貴重な機会をつくってくださった方々に感謝しています。

さいごに、帰りの機内からの写真を一枚。

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ゲノムペーパー考

最近になって動物の全ゲノム配列解読の論文発表が相次いでいます。種名と掲載雑誌名を列挙します。

ワラビー（カンガルー）・ tammar wallaby (Macropus eugenii) - Genome Biology
タスマニアデビル・Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) - Proc Natl Acad Sci
タイセイヨウダラ・Atlantic cod (Gadus morhua) - Nature
コユビミドリイシ・stony coral (Acropora digitifera) - Nature
グリーンアノール・Anole lizard (Anolis carolinensis) - Nature　←これは今日オンライン公開

これ以外にも、当然いま出かかっているのもあるでしょうし、手こずっていて解析が進んでいないものもあるはずです。残念ながら、私の関わっているものは、時間がかかり過ぎの感があります。


先日の記事で、DNA解読技術が進歩しても、それ以外のステップにおいていろいろ難しい要素があることを書きました。上記のどのプロジェクトも、出版まで漕ぎ着けるのは楽ではなかっただろうと推測します。単純に、プロジェクトが動き出してから、どのくらいの時間がかかったのか、また論文を投稿してから、いわゆるレビューの過程でどの程度手こずったのか、という側面をみれば、どのプロジェクトが手際よく行われたのか測ることができるでしょう。しかし、この辺の情報は関係者しか詳しくわからないはずです。

誰にでもわかる側面としては、プロジェクトチームの規模と構成員の物理的な分布です。上の５つ、さらにこれまでに出版されたいわゆるゲノムペーパーを比べれば、上にあるコユビミドリイシのゲノム解析が、とくに数少ないメンバーで完遂されたことがわかります。そして、ほぼ全員がひとつのラボ所属ということで、シーケンス技術の革新に効率的に適応した結果だと私は見ています。 この論文の要点は解析を行った研究チームの所属先のHPでも紹介されています。私は全く関係していないのですが、勝手に日本人として誇らしく思わせていただいております。

いっぽうで、世界にある大規模なゲノムシーケンシングセンターで経験を積んできた解析チーム、とくにリーダー格の研究者の才覚に圧倒されたこともあります。研ぎ澄まされたセンスとリーダーシップ、センターによってはなかなか外に露出されることはないのですが、それに触れられることが大規模な（もはや「旧式の」と呼ぶべきか）ゲノムプロジェクトに参加する醍醐味だと思います。

あと、ある生物種のゲノムペーパーが出版されたときに、その種がジャーナルの表紙を飾ったのか、という要素も注目してみると面白いです。上の各ゲノムペーパーはどうだったかというと、・・・・。


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米国の、そして世界のゲノム研究はどこへ？

きょうは短いですが、ドイツ生活ネタから離れます。

米国のゲノム研究を統括しているNational Human Genome Research Institute (NHGRI)という機関があります。ここで今年５月に行われたAdvisory Councilの会議の模様をYouTubeで見ることができます。

丸一日じっくり時間をかけて行われたようですが、聴いていて飽きません。まだ全部は見ていませんが、ゲノム研究のいろんな流れを感じ取ることができます。


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このブログについて

このブログをはじめてから２ヶ月くらいになると思います。覗いてくださってどうもありがとうございます。

当初はもっと研究分野のことなど書こうと思っていましたが、日々印象に残っていることを書いていくと、どうしてもドイツならでは、あるいは欧州ならではのことになってしまって、研究のことまで書ききれていない、というのが現状です。

あとは、このサイトは基本的に匿名ではじめて、いまもそうなのですが、誰が書いているか知っている人は知っているということで、このままにしようと思っています。

こういう状況をうけて、というわけでもないのですが、研究内容に関することなどは、英語のブログも先日はじめましたので、そちらに多く書くことになると思います。このページの右側に常にリンクがありますので、ご興味おありでしたら、覗いてみてください。こちらは匿名でなく、自分の研究の宣伝などもしていきたいと思っています。

この英語ブログサイトのタイトルは「Originally 4」としました。わかる方には説明しなくてもわかるネーミングだと思います。すなわち、我々ヒトのゲノムは約５億年前に起きたゲノムの４倍化イベント（「２R仮説」とも呼ばれる）のおかげで、それまでの生物がもっていた遺伝子セットが「４」倍になり、そこから時間をかけて、ときおり４倍化の痕跡が見えるか見えないか、という我々の現在のゲノム構成に落ち着いた、というストーリーです。 さらに、ヒトを含む現存の脊椎動物すべて（一部の生物ではその痕跡がかなり二次的に失われているようす）が、４倍化状態を一度経験したのではないか、という意味も含みます。先日書いたヤツメウナギもそこに含まれます。

（この辺のはなし、日本語の簡素なことばで書くのが非常に新鮮でした。とはいっても、慣れていない方にとっては簡素に聞こえないと思いますが。それにしても「２R仮説」がWikipediaで見つかるとは驚き）

英語のブログを設けたそもそもの理由は、こちらで身近に接している人たち（指導している学生たち）の読めない言葉だけを用いて、こちらでの日常について書くのはどうも気が引ける、というものです。「結局、あの先生（「先生」なんてこっちではもちろん呼びませんが）、私たちと別のほう向いて毎日過ごしてるんだ」なんて思われるのは本意ではありません。あとは、研究に関することならなおさら、指導する学生にも、さらに世界のどこにいる人にも、知ってもらうのがよいのだろうと思っています。

ちなみに、このブログでこれまで訪問数の多かった記事は、やはり なでしこジャパン関連 でした。


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本当に「ゲノム時代」到来か？

女子サッカー、決勝進出ですね。同じ土俵で胸を張って闘えていることが感じられます。サイエンスでも、同じことが繰り広げられなければいけません。

このブログ、文化の違いなどについての内容が増えています。少し研究の中身に関連したトピックを書きます。

最近のいわゆる次世代（massively parallel）シーケンス技術の発展は、ゲノム（そしてエピゲノム）解析を本当の意味で豊かにしているのか？タイトルはそういう意味です。もちろんその通りなのでしょうが、いろいろ難しい要素もあります。

私自身が関わっているゲノムシーケンスプロジェクト、そして伝え聞いた情報などから、次世代シーケンス技術以前、そして移行期に進められたプロジェクトでもまだまだ解析途中、投稿準備中などのものがいくつかあることを把握しています。

そもそも技術的に難しいゲノムであるとか、生物学的にゲノム解析の切り口が見つけられないとか、単に従事している研究者が忙しいとか、理由はいろいろですが、いわゆる非モデル生物のゲノムシーケンス解析は、結局人の手、あるいは人の目が律速となっていて、いまだ技術革新の恩恵を最大限に享受できていない印象があります。単に配列解析結果を記述するための論文を出版することは可能だとしても、もはやそれではいい雑誌には載らないでしょうし、やる以上はバイオロジーに切り込む（表現型を少しでも説明する）ような解析結果が求められるのが現実です。

GOLD Genome Databaseというページには、あらゆるゲノムプロジェクトがリストされています。米国のNHGRIのページには、さらにパブリックなゲノムプロジェクトを見つけることが出来ます。しかし、どちらのリストも、「計画されているが始まっていない」ものを含んでいます。実際に、ごく最近学術雑誌に出版されたゲノムプロジェクトはいくつあったでしょうか？思いつくもの、多くないと思います。手こずっているものは意外に多いのです。

出版された論文や査読にまわってくる論文、Introductionを読むと、基本的な情報としてそういった凍結されたゲノムプロジェクトを丁寧に紹介しているのを、しばしば見つけることができます。進んでいないプロジェクトだとしたら紛らわしいですね。

中国のBGIも加わり、Genome 10K プロジェクト というのも進められています。果たしてどのくらいのゲノムを、どの精度でアノテーションし、どういう形で生物学者がその結果に触れることが出来るようになるのか、興味深いところです。

技術は進んでも、出てきたデータを見極めて新たな発見をするという「センス」、この重要さは変わらないはずです。それをどう鍛えますか？