一年半の休止期間を経て、再始動

ドイツを出てから、一年半。その間、別に休業していたわけではありません。しかし、ドイツにいたころには常に頭の大きな部分を占めていたこと、一年半休んでいましたが、やっと再開するのです。何のことかといいますと、来週、近隣の大学で、学部３回生向けの講義を行うのです。それが、１２月の下旬まで基本的に毎週続きます。講義のタイトルは「分子進化・ゲノム情報学」といいます。

日本の大学生相手にレギュラーな講義を行うのは初めてです。ドイツ時代の５年間にわたる講義スライドを見返しながら、このスライドを（言語は日本語に大方スイッチするとして）そのまま来週から講義に使えるかな、などとひとつずつ吟味などしています。最初の２，３週間分のスライドの準備はだいぶ済んでいますが、ドイツバージョンから使えるスライドはどんどん取り入れてみようかという気分になっています。

学生の反応もそうですが、自分に何らかの新しい感覚が芽生えるのではないか、と思うと率直に楽しみです。

中古車市場

そういえば、ドイツにいたときに、通りを歩いていて、そこらへんに駐車してある乗用車の窓に、「この車、売ります。ＸＸＸユーロで。」などと書いてあるのをよく見かけました。

日本では、そんなの、一度もみたことがありません。


しばらくこのBlog書くのをさぼっていました。きょう、なんとなく、まだまだもっともっといろんなことを伝える努力をしていかないといけないな、と思わされる出来事がありました。


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ウミヤツメゲノムコンソーシアム（１）

そういえば、まだ神戸にいた２００５、６年ごろから、旧式のサンガーシーケンサによるウミヤツメゲノムの配列データが出始めたことを把握していたのだった。あの頃は、ハードコアな実験生物学者に囲まれて、独りでゲノム情報を扱っており、新たな配列データベースやゲノムリソースの情報を自分でどこから得ていたのか、もう覚えていない。

それから・・・・、２年ほど経ったころ、私はドイツの田舎の大学のオフィスで、そこそこつながったウミヤツメゲノム配列が手に入ることを知り、おもむろに解析を始めたと記憶している。渡独して間もない時期だったので、異国での生活だけでなく学部の講義などもまだおぼつかない頃である。このとき扱っていたのは、Version 3と呼ばれたアセンブリである。おそらく私の研究キャリアの中で最も興奮しながら扱ったゲノムアセンブリであろう、これからどんな生き物のゲノムを扱うとしても。

当時は、その「アセンブリ」がどのようにして、そして誰によって構築されたかは全くしらなかった。ゲノムプロジェクトが通常どのように行われるかも知らなかったはずだ。それでも、作られたアセンブリは、数々の既存のツールで「遊ぶ」には格好の材料であった。GenScanも、RepeatMaskerも、BLASTも、自分でセットアップしたワークステーションの上で、何度も何度も走らせた。有給の学生研究補助の制度（HiWi）を使って、プログラミングに長けた学生に、AugustusをTraining（この「AL5」と呼んだTraining条件は現在、Augustusサーバー・プログラムにおいて利用できる）してもらい、より確かにコード領域を推定できるようにして、ゲノムワイドな遺伝子セットを用意した。

こんな感じで時間が少し経ったころ、このゲノムプロジェクトを推進する中心的立場を担っているという研究者に進捗などをメールで尋ねることにした。このプロジェクトには、珍しくWhite Paperなるものが存在しなかった。進捗を尋ねるのに、誰に連絡したらよいかも、最初は容易にわからなかったと記憶している。ここで、予想できたのは、すでに名だたる研究者たちがこのゲノムのアノテーションを行っていて、ほどなく解析結果が公表されてしまうという状況であった。そうなれば、私のチームの努力は無駄になるのであるが、なんだかそんなことはどうでもよかった。自分の手でゲノムを「解いて」、その結果に思いを巡らす経験をすることそのものが財産である、ということを強く感じながら進めていたのをいまでも覚えている。誰が解析しても見つけられないものを自分なら見つけられる、と思っていたわけでは決してない。

メールでやりとりを少ししたあと、その研究者と電話で話そうということになった。これから解析を始めるところだから、ぜひ解析や議論に参加してほしい、ということであった。もともと、ヤツメのゲノムを解析することが専門だと知れた研究者など、いるわけはなかった（たぶん）。今思えば、少しでも、ヤツメの面白さや、この生き物についてこれまでどのような研究が行われてきたかを把握している人に加わって欲しいと思っていたに違いない。さらに、彼本人が内分泌学者であるから、ゲノムインフォマティクスに少しでも近く、それでいて、他の生物ではなく、このヤツメのゲノム解析に注力してくれる人を巻き込むことで、自分への負担を軽くしたかった、という思惑もあったであろう。私はベストフィットな人間ではなかったが、少しでもそれに近いと思ってくれたようで、彼の所属先で行うコアミーティングに参加してほしい、ということになった。

（続く）


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ヤツメウナギのゲノム論文

このブログで触れたことのあるヤツメウナギ、そのとりあえずのゲノム解析の結果が Nature Genetics誌に掲載されました。このプロジェクトに関わりはじめた経緯などを思い返すと、いろいろ思い入れのあるプロジェクトではありましたが、結果としてはすっきりしない部分もあり、まだまだスタート地点にたっただけ、と強く思います。

論文に含めたマジメな結果以外にも、いろいろ書き残しておきたいエピソードがありますので、後日ここに綴ってみたいと思います。

身近な海の驚きにアクセス！

ふと、神戸市内の書店でみつけた新刊。いまも日本各地の水族館は続々パワーアップ中の様子。

ドイツに住んでいるとき、ヨーロッパの水族館をいくつか訪れましたが、コンパクトなものが多く、正直あまりインパクトを感じませんでした。たとえば、バルセロナの水族館なんてガイドブックには欧州最大級（あるいは「最大」？）などと書かれてありましたが、完全に見かけ倒し。

日本の水族館に慣れるとほんとに敷居が高くなってしまいます。この「水族館ぴあ」を読んで、まだ訪れていない日本の重要な（私の興味の面からいって）水族館がまだいろいろあるということを再認識。

ヤツメウナギゲノム

研究の話です。各所で見れるようになっているヤツメウナギ（正確には「ウミヤツメ」）のゲノム配列や遺伝子アノテーションのリソースについての情報が統合されていなくて、混乱を生みがちなようです。

整理するために、英語のブログポストに含めたリンク先のページに概要をまとめましたので、お困りの方はご覧ください。今後も新しい情報が出たときに、そのページに付け加えていくつもりですので、参考にしてください。

杉浦千里 エビ・カニ博物画展

実家に帰る途中に寄った天保山マーケットプレイスでzoologicalな展示を発見しました
1月14日までです


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中高生のための理系のススメ

そうそう、サイエンス楽しいですよ

「ボクらの未来予想図　理系ワンダフルライフ」

いつかやってみたいとおもってた

ドイツにいるころ、ヨーロッパの方々で行われているワークショップといわれる、特定のスキルを学ぶ講習会みたいな集まりに、自分の学生を何度か送り込んだものでした。会場は確か、イングランド、イタリア、チェコとかだったか。

ワークショップから戻ってきた学生に、「どんな人たちが来てた？」と尋ねてみると、学生だけでなく、雑多な人たちが来ていたとか。たとえば、いわゆるPIと呼ばれるリーダー格の人さえも。（いつも同じ人だったりもしましたが・・・）

そこで、いつか自分も・・・、とひそかに思っておりました。そして、この国に移ってきて、とうとう夢かない、昨日まで日本の某所で、そういう会に参加してきました。テーマは「分子系統学」、18年前、私を研究の世界に導いた。

学生ばかりではないけど、 初学者に近い方たちに混じって、初心に戻り、Treeまみれになった3日間でした。「夢がかなった」とかいう気持ちというより、この分野にまだまだ深くのめり込みたい、という気分。

一度こうしなければいけないと思っていました。そして、そうしてよかった。ここまでやって、どうにか広くいろいろ伝わるように、これからも続けていかねば、と思いを新たにしました。講師の方々、受講者として選考してくださった方、運営に携わった方、どうもありがとうございました。

おまけは、来年春のHinxtonでのワークショップ情報　→ こちら

そして、あすからも別のもくろみのために旅立つのですが、これについては少し伏せておきましょう。


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阪神間、ドイツ的スポット３

 ・ドイツパン屋　Schrattenbach
　　　店の名前は、修行先のドイツの村の名前だとか・・・
　　　そして、なにやら、きょう「ドイツ統一の日」に、店先にドイツ国旗を掲げていたという・・・
　　　


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