'Treat BLAST Searches as Scientific Experiments'

分子生物学にとって標準ツールとなったBLAST。簡単なようですが、使い方・結果の解釈の仕方を知らないと、大変な間違いになりかねません。

PLoS Biologyに出たこの記事、手短に基本的かつ大事なことを説明しています。レクチャー用のスライドまでSuppl Materialとして提供されています。

一見簡単なツールですが、BLASTの奥は深いです。ひとつの混乱は、データベースが多様になったことに起因しています。適切なデータベースを選んでいないせいで、目的の配列が見つからないなど・・・。

こちらのページでは、O'reillyから出ているBLASTについての本の内容を無償で公開しています。 著者のうちIan KorfとMark Yandellはともにgene predictionツールで有名な人であるということが面白い。

私は、自分が担当する学部・大学院のコースでも、BLASTの使い方を身近な実例を挙げて説明・実演する機会を設けています。このブログのタイトルではないですが、分子進化・分子系統を目指す人だけでなく、すべての分子生物学従事者が、進化の理解のもとに、分子機能を統合的に理解できるというのが理想だと思っています。

いずれ授業や試験を通した体験についてもここで書いてみようと思っています。