取りやめになった発表のアブストラクト「理研エピジェネティクスシンポジウム2020」

久しぶりの書き込みです。

新型コロナウイルスの影響で中止になった学会・研究会で発表する予定だった研究内容の要旨を記録として順に貼り付けていきます。


2月25、26日　理研エピジェネティクスシンポジウム2020　＠理研横浜キャンパス

Scaling of Hox gene clusters: what happened to shark and lamprey?

Shigehiro Kuraku¹, Kazuaki Yamaguchi¹, Tatsumi Kaori¹, Chiharu Tanegashima¹, Osamu Nishimura¹, Mitsutaka Kadota¹

1. Laboratory for Phyloinformatics, RIKEN BDR, Kobe

Hox genes play crucial roles in embryogenesis and are organized into four clusters (Hox A–D) in many osteichthyans (bony vertebrates). We previously sequenced the whole genome of a few shark species (Hara,et al., 2018. Nat. Ecol. Evol.2:1761-1771), and in their genomes, we found not only well-conserved Hox A, B and D clusters containing an array of Hox genes expressed in a temporally collinear manner, but also putative Hox C genes, although the entire Hox C cluster was long thought to have been lost from elasmobranch genomes. Remarkably, none of the identified putative shark Hox C genes comprised such a compact cluster as in other jawed vertebrates, spanning within a 100-kbp-long genomic region—for example, catshark Hoxc11 was flanked by a 50-kbp-long stretch containing no other Hox gene. Our analysis on embryonic expression patterns indicated that the identified elasmobranch Hox C genes are still under spatiotemporal transcriptional regulation, which is typically exerting on clustered Hox genes. These findings demonstrate that Hox C genes were not lost in a cluster-wide deletion event in the elasmobranch ancestor as proposed previously, and have eroded intermittently during elasmobranch evolution. Together, while the Hox A, B and D clusters exhibit the canonical, conservative nature even in elongated elasmobranch genomes, their Hox C cluster underwent remarkable lineage-specific, sequence-level modifications. This presentation will also cover the elongated, repeat-rich Hox clusters of lampreys, and discuss the significance of Hox cluster scaling in relation to the regulatory mechanisms.

Brownbanded bamboo shark Hox cluster structure

(Hara, etal., 2018. Nat. Ecol. Evol.2:1761-1771)

第5回ジンベエザメ国際会議

5月下旬に世界遺産であるオーストラリア・ニンガルーコーストにあるエクスマスという街でジンベエザメ国際会議に参加してきました。

香港経由でパース空港に深夜に到着

そのまま空港のSleeping podで快適に就寝

行きのパース～エクスマスの機内、右手にずっと見えていたのは赤茶けた台地

エクスマス Exmouthという街では、ジンベエザメは非常に身近な存在

 

学会参加者全員に配られるグッズ　

ペットボトルが要らないようにマイボトル（会議ロゴ付き）、

そして、写っていないけど、金属製のストローも

自然保護に関係する地元企業や政府機関、そして関係ない企業も分厚く協賛　

おかげで整った清潔感のある会場

なんだか頭が「エラスモ」だから道に落ちてるこんなものも、

アレに見えてくる！でも実は植物

 

会議中の半日は地元のエコツーリズム体験

  

船上からザトウクジラ、そしてハンドウイルカが3つ巴で見えたり

海水面にだらんとしたウミヘビ

シュノーケリングでスティングレイも見ることができたけど、

やはり主役は

ジンベエザメ！

我々のボートの近くに計5匹が来ていたらしい

 

けど、慣れないシュノーケリング、ついていくのがやっとで

雌雄の違いや模様による個体の識別なんてしている余裕はないけど

なんとかムービーで撮影

接近は3メートルまでと決められている

 日本からの他の参加者はみな知り合いで、海外からも一緒に仕事したことのある仲間が
初めて参加したこの会で、昨年秋に発表したゲノム解析について紹介　
ある意味、馴染みのないコミュニティを相手にするのは慣れています

 会議後はメルボルンへ移動し、共同研究者とのタイトなミーティング x2

その前に地元の水族館へ　ドイツ時代で世話になったSea Life系列

 

おきまりのサメ卵付きのタッチプール

これはポートジャクソンネコザメ

これはゲノム研究者にはおなじみ、ゾウギンザメ

これは実物を始めて目にしました

draughtboard shark (Cephaloscyllium laticeps)のもの

最も大きな水槽の目玉は、やはり板鰓類

 シロワニ、トラフ、ツマグロ、ヤジ、コモリ、オオテンジクなど定番に加え、

ガンジスメジロザメ Glyphis glyphis

 そして、さっきの植物じゃなくて、ほんもの

Largetooth sawfish ノコギリエイの一種

オスメス両方いたが、メスのほうが全長もノコギリ長も大きいとか

その場にいた従業員が快く教えてくれた

メルボルンからの用務を無事終えて、最後大雨の中なんとか空港に到着

ロングフライトを控えてずぶぬれで空港へ、ってのは初めての経験でした

日本に戻り、学会参加グッズのメタルストローを試用。そういえば学会中立ち寄ったB級イタリアンレストランも紙ストローでした。もうプラ廃止の流れは当然で、日本が遅いだけと改めて痛感。今回の会議にて、美ら海チーム（私の共同研究者でもあります）は、水族館での診断に基づく知見と、そのスキルを活用したガラパゴスでの野外調査（プレスリリース、水族館ブログ記事）について発表。私見では、これらの発表に刺激を受けて、これまで水族館でのジンベエ飼育に肯定的でなかった海外の関係者が、水族館での飼育を通した研究の重要性を認識する機会となったようである。あと、私自身はとくに世界の野外ジンベエ集団の現時点での知識を始めて整理することができ、同時にDNA解析全般の現状も確認できました。今後の関わり方を検討していきます。

さいごに、系統樹マンダラ【サメ編】の制作に取り組んでいます。実現のためのクラウドファンディングにご支援いただけると非常に有難いです。 50種ほどのイラストがポスターに入るのですが、ジンベエザメが入るか、というと・・・。そこのところはぜひお楽しみに！

10連休は鯨類から

10連休の最初の三日は紀伊半島の南のほうへ行ってきました。このムービーを見るだけでどこだかわかる人もいるはずです。

そう、太地町のくじら博物館です。レアなマダライルカ、スジイルカ、シワハイルカ、カズハゴンドウ、さらに、スピカという名前のついているアルビノのハンドウイルカが屋内の水槽で悠々と泳いでいました。そして、屋外のクジラショーエリアではオキゴンドウとハナゴンドウ。腹びれのあるイルカについての学術的な展示コーナーやクジラにまつわる生物学そして文化についての展示エリアも満喫しました。

海洋生物の研究はまだまだこれからです。可愛い生き物を材料にするのは残酷、って思われるかもしれませんが、環境DNAを検出することにより非侵襲に調べられることもあります。そして、ゲノム情報さえ得られれば、ほんとうにノータッチで自然の驚異に迫ることが可能です。

なぜヤモリ？ーソメワケのゲノム解析について論文出版

ここでの発信が遅れましたが、先日ソメワケササクレヤモリという名の爬虫類のゲノム解析についての論文を出版しました。研究しやすい爬虫類として、ニワトリに代わる新たな哺乳類の比較対象になればと思います。

多くの人が身近に感じるように（学名の一部をとって）「パロヤモリ」という俗称も提案しています。

所属機関から日本語のプレスリリースも出しています。

「モデル」とか「非モデル」とか、そういうことではなくて・・・

長らくこちら留守にしてしまっておりました。また色々情報発信していければと思っています。

さて、少し前に、「より手堅い非モデル生物研究のための三種の神器：分子進化学とゲノム情報学の立場から」というタイトルで某所で発表したときに要旨として提出した文章を貼り付けておきます。要旨っぽくないのですが、この話題について、それなりにこだわりを持っていることを文字にしていました。

非モデル生物をとくに分子レベルの研究に使用する際に押さえておくとよい要素を３つ提案する。

１）     扱う生物の系統的な位置（進化の時間軸を含む）

分類学的にだけでなく、分子系統学的にはどう認識されているか？見解が一致していない場合は、どのタイプの分子配列データセットがどのような系統関係を支持しているのか？また、分子情報が豊富な「モデル」近縁種は存在するのか？それはどの程度「近縁」なのか？

２）     ゲノム・トランスクリプトームに基づく遺伝子情報（完成度の情報を含む）

「オミクス」が関係してくるかどうかに関わらず、扱う生物の基本的な特徴はやはり把握しておきたい。ゲノムサイズやUTR長、そしてGC含量などの全体的な傾向を知っていると、解析方法のチョイスなど実務上の判断の助けにもなるかもしれない。加えて、リファレンスとして使用するゲノム・遺伝子情報の完成度を把握しておくことは、発見を意味づけする際の目安となる。世に出ているゲノム情報のなかには完成度が低いものも多々あり、自分のデータがそれに依存しているせいで解析の網羅性が損なわれるとしたら・・・。

３）     「ユニーク」対応してくれるシークエンスパートナー

シークエンサーだけあっても「使える」データは得られない、ということを強調する必要はもうないであろう。サンプル調製からデータ解析に至るまで、ときにゼロからの最適化が必要となる非モデル生物研究の生のニーズに合わせた解決法を提案してくれる相談相手がいれば、低コスト化の面でも心強いはずである。たとえば、一言にRNA-seqといっても、リファレンスゲノム配列がある場合とない場合では、データ解析はもちろん、サンプル調製～シークエンスのやり方を変えたほうがよいかもしれない。

もちろん、これら３つ以外の要素も挙がって然るべきである。その辺を意見交換できれば幸いである。

ごく最近は、「非モデル」生物という言葉を使うことにも抵抗を感じるようになってきました。「モデル」か「非モデル」か、ということは重要ではないのですよ。

日本語の発音

 いつ以来になるのか・・・、久しぶりに書いています。この1年で本当にいろいろなものが変わりました。目に見えることがいくつも。そして、目に見えないことも・・・・。分かる方にはよく分かると思いますが、いろんな影響がありました。遠いところにいらっしゃる方にもいろんな影響が出ているわけですから・・・。

さて、気を取り直し以前の調子で、ここにふさわしい話題を。

６歳でドイツ暮らしを終えて日本の小学校デビューを果たした息子、今年初め（３年生の３学期）に学校で「ローマ字」を習ったらしい。日本語の文章がローマ字で書いてあるのを見て、あれ！？
 「・・・している」が「・・・SHITEIRU」と書かれていることに違和感を持ったらしい。

息子：「る」は「LU」やろ！？

と関西弁で叫んでる。 うんうん、さすが、アルファベットとともに育っただけのことはある。

ドイツ・サイエンスデー in Kyoto

こういうイベント、私は初めて見ました。なかなか興味深い。

10月25・26日  ドイツ・サイエンスデー in Kyoto

これも何かの縁、それも深い縁

先日ここに書いた大学での講義再開、なんとか順調に始まり、その後もスムーズに進んでいます。

前職での講義の際は、私の経験不足のせいで初めてのことの連続で、さらに学生の知識レベルなどが全然わからず、３年目くらいまで、なかなか余裕をもてなかったものです。でも、いまははっきりそういう状態を脱したといってよいようです。何が違うって？一番に思い浮かぶのは、日本語で教えられるから、という理由ですが、おそらくそれが本当の理由ではないような。

たぶん理由は、「自分が教えたい内容を、自分でやりたくて教えているから」だろう、というのが私の結論。

さて、きょうは息子とスポーツ観戦。世界に誇れる地元のチームが、リーグ優勝！

（もう一方の地元のチームは、残念ながら終戦）

というニュースは置いといて、その足で立ち寄ったスタジアム近くのペットショップにて、「ミステリークレイフィッシュ」というザリガニを発見。なんと、単為生殖（Pathernogenesis)するらしい！

帰って調べてみると、その模様からMarmorkrebs（大理石ザリガニ）と呼ばれ、 １９９０年代からマニアの間で流通していたものが、研究者によって調べられ、２００３年にNature誌に掲載されたようす。調べたのはドイツの研究者。そういえば「Pathernogenesis」、前職で冬学期に教えていたEvolutionsbiologieの講義のトピックのひとつでした。これも何かの縁と思い、３匹購入。


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一年半の休止期間を経て、再始動

ドイツを出てから、一年半。その間、別に休業していたわけではありません。しかし、ドイツにいたころには常に頭の大きな部分を占めていたこと、一年半休んでいましたが、やっと再開するのです。何のことかといいますと、来週、近隣の大学で、学部３回生向けの講義を行うのです。それが、１２月の下旬まで基本的に毎週続きます。講義のタイトルは「分子進化・ゲノム情報学」といいます。

日本の大学生相手にレギュラーな講義を行うのは初めてです。ドイツ時代の５年間にわたる講義スライドを見返しながら、このスライドを（言語は日本語に大方スイッチするとして）そのまま来週から講義に使えるかな、などとひとつずつ吟味などしています。最初の２，３週間分のスライドの準備はだいぶ済んでいますが、ドイツバージョンから使えるスライドはどんどん取り入れてみようかという気分になっています。

学生の反応もそうですが、自分に何らかの新しい感覚が芽生えるのではないか、と思うと率直に楽しみです。

中古車市場

そういえば、ドイツにいたときに、通りを歩いていて、そこらへんに駐車してある乗用車の窓に、「この車、売ります。ＸＸＸユーロで。」などと書いてあるのをよく見かけました。

日本では、そんなの、一度もみたことがありません。


しばらくこのBlog書くのをさぼっていました。きょう、なんとなく、まだまだもっともっといろんなことを伝える努力をしていかないといけないな、と思わされる出来事がありました。


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