なぜヤモリ？ーソメワケのゲノム解析について論文出版

ここでの発信が遅れましたが、先日ソメワケササクレヤモリという名の爬虫類のゲノム解析についての論文を出版しました。研究しやすい爬虫類として、ニワトリに代わる新たな哺乳類の比較対象になればと思います。

多くの人が身近に感じるように（学名の一部をとって）「パロヤモリ」という俗称も提案しています。

所属機関から日本語のプレスリリースも出しています。

「モデル」とか「非モデル」とか、そういうことではなくて・・・

長らくこちら留守にしてしまっておりました。また色々情報発信していければと思っています。

さて、少し前に、「より手堅い非モデル生物研究のための三種の神器：分子進化学とゲノム情報学の立場から」というタイトルで某所で発表したときに要旨として提出した文章を貼り付けておきます。要旨っぽくないのですが、この話題について、それなりにこだわりを持っていることを文字にしていました。

非モデル生物をとくに分子レベルの研究に使用する際に押さえておくとよい要素を３つ提案する。

１）     扱う生物の系統的な位置（進化の時間軸を含む）

分類学的にだけでなく、分子系統学的にはどう認識されているか？見解が一致していない場合は、どのタイプの分子配列データセットがどのような系統関係を支持しているのか？また、分子情報が豊富な「モデル」近縁種は存在するのか？それはどの程度「近縁」なのか？

２）     ゲノム・トランスクリプトームに基づく遺伝子情報（完成度の情報を含む）

「オミクス」が関係してくるかどうかに関わらず、扱う生物の基本的な特徴はやはり把握しておきたい。ゲノムサイズやUTR長、そしてGC含量などの全体的な傾向を知っていると、解析方法のチョイスなど実務上の判断の助けにもなるかもしれない。加えて、リファレンスとして使用するゲノム・遺伝子情報の完成度を把握しておくことは、発見を意味づけする際の目安となる。世に出ているゲノム情報のなかには完成度が低いものも多々あり、自分のデータがそれに依存しているせいで解析の網羅性が損なわれるとしたら・・・。

３）     「ユニーク」対応してくれるシークエンスパートナー

シークエンサーだけあっても「使える」データは得られない、ということを強調する必要はもうないであろう。サンプル調製からデータ解析に至るまで、ときにゼロからの最適化が必要となる非モデル生物研究の生のニーズに合わせた解決法を提案してくれる相談相手がいれば、低コスト化の面でも心強いはずである。たとえば、一言にRNA-seqといっても、リファレンスゲノム配列がある場合とない場合では、データ解析はもちろん、サンプル調製～シークエンスのやり方を変えたほうがよいかもしれない。

もちろん、これら３つ以外の要素も挙がって然るべきである。その辺を意見交換できれば幸いである。

ごく最近は、「非モデル」生物という言葉を使うことにも抵抗を感じるようになってきました。「モデル」か「非モデル」か、ということは重要ではないのですよ。

日本語の発音

 いつ以来になるのか・・・、久しぶりに書いています。この1年で本当にいろいろなものが変わりました。目に見えることがいくつも。そして、目に見えないことも・・・・。分かる方にはよく分かると思いますが、いろんな影響がありました。遠いところにいらっしゃる方にもいろんな影響が出ているわけですから・・・。

さて、気を取り直し以前の調子で、ここにふさわしい話題を。

６歳でドイツ暮らしを終えて日本の小学校デビューを果たした息子、今年初め（３年生の３学期）に学校で「ローマ字」を習ったらしい。日本語の文章がローマ字で書いてあるのを見て、あれ！？
 「・・・している」が「・・・SHITEIRU」と書かれていることに違和感を持ったらしい。

息子：「る」は「LU」やろ！？

と関西弁で叫んでる。 うんうん、さすが、アルファベットとともに育っただけのことはある。

ドイツ・サイエンスデー in Kyoto

こういうイベント、私は初めて見ました。なかなか興味深い。

10月25・26日  ドイツ・サイエンスデー in Kyoto

これも何かの縁、それも深い縁

先日ここに書いた大学での講義再開、なんとか順調に始まり、その後もスムーズに進んでいます。

前職での講義の際は、私の経験不足のせいで初めてのことの連続で、さらに学生の知識レベルなどが全然わからず、３年目くらいまで、なかなか余裕をもてなかったものです。でも、いまははっきりそういう状態を脱したといってよいようです。何が違うって？一番に思い浮かぶのは、日本語で教えられるから、という理由ですが、おそらくそれが本当の理由ではないような。

たぶん理由は、「自分が教えたい内容を、自分でやりたくて教えているから」だろう、というのが私の結論。

さて、きょうは息子とスポーツ観戦。世界に誇れる地元のチームが、リーグ優勝！

（もう一方の地元のチームは、残念ながら終戦）

というニュースは置いといて、その足で立ち寄ったスタジアム近くのペットショップにて、「ミステリークレイフィッシュ」というザリガニを発見。なんと、単為生殖（Pathernogenesis)するらしい！

帰って調べてみると、その模様からMarmorkrebs（大理石ザリガニ）と呼ばれ、 １９９０年代からマニアの間で流通していたものが、研究者によって調べられ、２００３年にNature誌に掲載されたようす。調べたのはドイツの研究者。そういえば「Pathernogenesis」、前職で冬学期に教えていたEvolutionsbiologieの講義のトピックのひとつでした。これも何かの縁と思い、３匹購入。


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一年半の休止期間を経て、再始動

ドイツを出てから、一年半。その間、別に休業していたわけではありません。しかし、ドイツにいたころには常に頭の大きな部分を占めていたこと、一年半休んでいましたが、やっと再開するのです。何のことかといいますと、来週、近隣の大学で、学部３回生向けの講義を行うのです。それが、１２月の下旬まで基本的に毎週続きます。講義のタイトルは「分子進化・ゲノム情報学」といいます。

日本の大学生相手にレギュラーな講義を行うのは初めてです。ドイツ時代の５年間にわたる講義スライドを見返しながら、このスライドを（言語は日本語に大方スイッチするとして）そのまま来週から講義に使えるかな、などとひとつずつ吟味などしています。最初の２，３週間分のスライドの準備はだいぶ済んでいますが、ドイツバージョンから使えるスライドはどんどん取り入れてみようかという気分になっています。

学生の反応もそうですが、自分に何らかの新しい感覚が芽生えるのではないか、と思うと率直に楽しみです。

中古車市場

そういえば、ドイツにいたときに、通りを歩いていて、そこらへんに駐車してある乗用車の窓に、「この車、売ります。ＸＸＸユーロで。」などと書いてあるのをよく見かけました。

日本では、そんなの、一度もみたことがありません。


しばらくこのBlog書くのをさぼっていました。きょう、なんとなく、まだまだもっともっといろんなことを伝える努力をしていかないといけないな、と思わされる出来事がありました。


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ウミヤツメゲノムコンソーシアム（１）

そういえば、まだ神戸にいた２００５、６年ごろから、旧式のサンガーシーケンサによるウミヤツメゲノムの配列データが出始めたことを把握していたのだった。あの頃は、ハードコアな実験生物学者に囲まれて、独りでゲノム情報を扱っており、新たな配列データベースやゲノムリソースの情報を自分でどこから得ていたのか、もう覚えていない。

それから・・・・、２年ほど経ったころ、私はドイツの田舎の大学のオフィスで、そこそこつながったウミヤツメゲノム配列が手に入ることを知り、おもむろに解析を始めたと記憶している。渡独して間もない時期だったので、異国での生活だけでなく学部の講義などもまだおぼつかない頃である。このとき扱っていたのは、Version 3と呼ばれたアセンブリである。おそらく私の研究キャリアの中で最も興奮しながら扱ったゲノムアセンブリであろう、これからどんな生き物のゲノムを扱うとしても。

当時は、その「アセンブリ」がどのようにして、そして誰によって構築されたかは全くしらなかった。ゲノムプロジェクトが通常どのように行われるかも知らなかったはずだ。それでも、作られたアセンブリは、数々の既存のツールで「遊ぶ」には格好の材料であった。GenScanも、RepeatMaskerも、BLASTも、自分でセットアップしたワークステーションの上で、何度も何度も走らせた。有給の学生研究補助の制度（HiWi）を使って、プログラミングに長けた学生に、AugustusをTraining（この「AL5」と呼んだTraining条件は現在、Augustusサーバー・プログラムにおいて利用できる）してもらい、より確かにコード領域を推定できるようにして、ゲノムワイドな遺伝子セットを用意した。

こんな感じで時間が少し経ったころ、このゲノムプロジェクトを推進する中心的立場を担っているという研究者に進捗などをメールで尋ねることにした。このプロジェクトには、珍しくWhite Paperなるものが存在しなかった。進捗を尋ねるのに、誰に連絡したらよいかも、最初は容易にわからなかったと記憶している。ここで、予想できたのは、すでに名だたる研究者たちがこのゲノムのアノテーションを行っていて、ほどなく解析結果が公表されてしまうという状況であった。そうなれば、私のチームの努力は無駄になるのであるが、なんだかそんなことはどうでもよかった。自分の手でゲノムを「解いて」、その結果に思いを巡らす経験をすることそのものが財産である、ということを強く感じながら進めていたのをいまでも覚えている。誰が解析しても見つけられないものを自分なら見つけられる、と思っていたわけでは決してない。

メールでやりとりを少ししたあと、その研究者と電話で話そうということになった。これから解析を始めるところだから、ぜひ解析や議論に参加してほしい、ということであった。もともと、ヤツメのゲノムを解析することが専門だと知れた研究者など、いるわけはなかった（たぶん）。今思えば、少しでも、ヤツメの面白さや、この生き物についてこれまでどのような研究が行われてきたかを把握している人に加わって欲しいと思っていたに違いない。さらに、彼本人が内分泌学者であるから、ゲノムインフォマティクスに少しでも近く、それでいて、他の生物ではなく、このヤツメのゲノム解析に注力してくれる人を巻き込むことで、自分への負担を軽くしたかった、という思惑もあったであろう。私はベストフィットな人間ではなかったが、少しでもそれに近いと思ってくれたようで、彼の所属先で行うコアミーティングに参加してほしい、ということになった。

（続く）


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ヤツメウナギのゲノム論文

このブログで触れたことのあるヤツメウナギ、そのとりあえずのゲノム解析の結果が Nature Genetics誌に掲載されました。このプロジェクトに関わりはじめた経緯などを思い返すと、いろいろ思い入れのあるプロジェクトではありましたが、結果としてはすっきりしない部分もあり、まだまだスタート地点にたっただけ、と強く思います。

論文に含めたマジメな結果以外にも、いろいろ書き残しておきたいエピソードがありますので、後日ここに綴ってみたいと思います。

身近な海の驚きにアクセス！

ふと、神戸市内の書店でみつけた新刊。いまも日本各地の水族館は続々パワーアップ中の様子。

ドイツに住んでいるとき、ヨーロッパの水族館をいくつか訪れましたが、コンパクトなものが多く、正直あまりインパクトを感じませんでした。たとえば、バルセロナの水族館なんてガイドブックには欧州最大級（あるいは「最大」？）などと書かれてありましたが、完全に見かけ倒し。

日本の水族館に慣れるとほんとに敷居が高くなってしまいます。この「水族館ぴあ」を読んで、まだ訪れていない日本の重要な（私の興味の面からいって）水族館がまだいろいろあるということを再認識。